Os Jardins do Palácio de Cristal constituem um exemplo relevante de soluções de base natural ao integrarem infraestrutura verde com múltiplas funções ecológicas e sociais numa área densamente urbana.
A sua vegetação diversificada, composta por cerca de 1.340 árvores, contribui para a regulação da temperatura e a melhoria da qualidade do ar, enquanto que a topografia e os sistemas de drenagem natural facilitam a gestão sustentável das águas pluviais, reduzindo o risco de cheias urbanas. De entres estas mais de mil árvores destacam-se o Acer (Acer negundo), a Tília (Cordata, Platyphyllos e Tomentosa), as Camélias, o Metrosidero (Metrosidero excelsa), a Palmeira (Washingtonia Robusta), a Araucaria (Araucaria Heterophyilla), o Plátano (Platano acerifolia) e duas árvores classificadas como interesse público – o Tulipeiro-da-Virgínia (Liriodendron tulipifera) e a Magnólia-sempre-verde (Magnolia grandiflora).
O mosaico de habitats que o Palácio de Cristal compreende, desde áreas relvadas a bosques e jardins formais, suporta a biodiversidade urbana e a utilização dos vários espaços para diferentes fins de recreio e descanso. Para além disso, estes jardins encontram-se na proximidade de um hospital central da cidade, tornando-se muito importante como zona tampão para a qualidade do ar, redução do ruído urbano e oferta de um espaço natural e verde para usufruto dos utentes, profissionais de saúde e visitantes.
A biodiversidade faunística é muito diversa com duas espécies de répteis, pelo menos uma espécie de morcego, 62 espécies de insetos, 22 espécies de fungo e cerca de 85 espécies de aves observadas até ao momento. Esta última, torna este local essencial para o projeto de Anilhagem Científica de Aves, que tem como objetivo compreender a importância de determinados espaços da cidade para as diferentes espécies. Até agora, foi possível anilhar 19 indivíduos de 10 espécies diferentes nos jardins do Palácio de Cristal.
De enfatizar também a presença de três espécies de anfíbios – rã-verde (Pelophylax perezi), tritão-de-ventre-laranja (Lissotriton boscai) e sapo-parteiro-comum (Alytes obstreticans) – que foram introduzidas nos lagos e tanques dos jardins, graças às ações de restauro das massas de água, realizadas pelo Município em parceria com o CIIMAR. Durante este restauro, foram também plantadas espécies de plantas aquáticas emergentes (como Iris pseudacorus, Lysimachia vulgaris, Lythrum salicaria), plantas flutuantes (como Nymphoides peltata e Potamogeton crispus) e plantas de zonas de escorrência (como Marsilea batardea, Carex pendula e Wahlenbergia hederacea).